La secretaría del CLAFEN, a cargo de Rosemary Rizo-Patrón, se encarga de la coordinación latinoamericana de las actividades del Círculo, del procesamiento de solicitudes de afiliación, en coordinación con los países afiliados y con el profesor Antonio Zirión, encargado de la sede electrónica de CLAFEN en la UNAM, México. Realiza actividades como: organización de eventos internacionales; coordinación de las bases de datos bibliográficas de fenomenología latinoamericana; coordinación de traducciones de textos fenomenológicos; correspondencia de coordinación con los miembros latinoamericanos, etc.